Atlixco, nombre azteca formado de Atl, Agua; Ixtla, llanura, valle (de Ixtli, cara, superficie); Tla, abundancia, y de la final co, que indica en; el conjunto forma la palabra Atl-ix-co que significa "Agua en el valle o en la superficie del suelo".
En la época prehispánica se le conocía como Cuauhquechollán “Águila que huye”, después Acapetlahuacan “Lugar de esteras de caña” y posteriormente Atlixco. Los primeros pobladores del Valle de Atlixco fueron los teochichimecas. También fue asentamiento de xicalancas y estuvo sometido a la gran Tenochtitlán.
Su posición geográfica hizo que fuera escenario de luchas entre los diversos grupos de indígenas que estaban asentados en los alrededores. Los pueblos de Calpan, Huejotzingo y Cholula se disputaron en diversas épocas la posesión del valle que en la llegada de los españoles se encontraba bajo el dominio de Huejotzingo. Pedro del Castillo y Cristóbal Ruiz de Cabrera fundan la Villa de Carrión, hoy Atlixco, el 22 de septiembre de 1579. En 1632 fue designada cabecera, independiente de Huejotzingo con once poblaciones a su cargo.
El 3 de marzo de 1706 se convierte en una especie de señorío, otorgado por el Rey Felipe V a don José Sarmiento de Valladares concediéndole el título de primer Duque y Señor de Atlixco. Debido a los acontecimientos que se suscitaron en la época independiente, el general Nicolás Bravo, presidente suplente de la República, le dio el título de Ciudad de Atlixco el 14 de febrero de 1843.
